Obec je doložená z roku 1350, ale vyvinula sa zo staršieho osídlenia. Jej starší názov bol Nitra (1350), maďarsky Ipolynyitra. Od roku 1948 má dnešné pomenovanie Nitra nad Ipľom.

Patrila Fiľakovskému hradnému panstvu od konca 16. storočia viacerým zemanom. V roku 1828 mala 51 domov a 449 obyvateľov. Zaoberali sa poľnohospodárstvom, od konca 19. storočia pracovali aj v priemyselných podnikoch vo Fiľakove. V rokoch 1938-1944 bola obec pripojená k Maďarsku.

Až do roku 1990 patrila k susednej obci Holiša. Od tohto roku začala svoju „novodobú“ históriu.

Kultúrne dedičstvo obce: Kostol rímsko-katolícky barokovo-klasicistický z roku 1823.